En el Municipio de El Alto el CEMSE trabaja con dos Centros:

• Centro Tupac Amaru
• Centro Vicente Donoso Torrez

En la gestión 2005 el Gobierno Autónomo Municipal de El Alto luego de un proceso de selección entrega al CEMSE en Administración Delegada el Centro de Recursos Pedagógicos Juan José Torrez, que posteriormente mediante Ordenanza Municipal Nº 020/2006 cambia de nombre a CRP Tupac Amaru; en la gestión 2014 se entrega al CEMSE el CRP Vicente Donoso para que se trabaje bajo las mismas condiciones que en el Tupac Amaru; se cuenta con el Convenio de Cooperación Interinstitucional entre el GAMEA y el CEMSE que fue ratificado por el Concejo Municipal de El Alto mediante Ley Municipal 268. A la fecha El CEMSE es la única institución que ha logrado hacer funcionar 2 de los 13 CRPs construidos por el Gobierno Autónomo Municipal de El Alto (GAMEA)